韓国政府は意味がわかりません。

この現代日本に本当に「思想犯罪」が実在すると思っているのでしょうか？

旧憲法下の「治安維持法」違反のようなものを思想犯というのであって、現憲法では先に述べた２１条があるので「思想犯罪」はあり得ないことになります。

靖国放火の件は、「刑法犯」であってそれ以上でもそれ以下でもありません。
刑法１１２条・・・現住建造物等放火罪（神主やなにかが住んでいる場合）。
刑法１８８条・・・礼拝所不敬罪。

「刑法犯」なのだから日韓犯罪人引き渡し条約に従って、日本に引き渡すべきでした。
これは、国際問題です。
条約違反なのです。

額賀特使は韓国政府に対して、強く抗議するべきです。